O INPA tem sua sede em uma área de 379.868,41m2,
na área urbana de Manaus, distribuída em três campi:
Campus Aleixo I, com 255.736,49m2;
Campus Aleixo II, com 49.131,92m2;
Campus do V-8, com 75.000,00m2.
Três reservas florestais e duas biológicas, quatro estações experimentais, duas bases flutuantes de pesquisa, um laboratório flutuante e um barco de pesquisa também compõem sua estrutura, conforme segue abaixo.
Reservas:
1. Adolpho Ducke;
2. Walter Egler;
3. Ouro Preto d´Oeste, em Rondônia;
4. Biológica da Campina;
5. Biológica do Cuieiras.
Estações Experimentais:
1. Silvicultura Tropical;
2. Fruticultura;
3. Hortaliças (Olericultura);
4. Agricultura de Várzea.
Bases Flutuantes de Pesquisas:
1. Catalão, no Encontro das Águas;
2. Tarumã, no Rio Negro.
Laboratório Flutuante:
Herald Sioli, na Ilha da Manchanteria.
Barco de Pesquisas:
Amanaí II.