O INPA possui a seguinte estrutura administrativa e de pesquisa:
O Instituto conta, ainda, com dez Divisões, quatro Setores de Serviços e uma Ouvidoria.
As Coordenações de Pesquisas são:
Aquacultura (CPAQ);
Biologia Aquática (CPBA);
Botânica (CPBO);
Ciências Agronômicas (CPCA);
Ciências da Saúde (CPCS);
Ecologia (CPEC);
Clima e Recursos Hídricos (CPCRH);
Entomologia (CPEN);
Produtos Florestais (CPPF);
Produtos Naturais (CPPN);
Silvicultura Tropical (CPST);
Tecnologia de Alimentos (CPTA).