Atualmente a agenda de pesquisas da CPCA é composta de 8 grandes projetos:

1. Desenvolvimento de tecnologias agrícolas adaptadas às condições amazônicas.


2. Desenvolvimento e avaliação participativa de sistemas agroflorestais.


3. Enriquecimento de propriedades rurais do Amazonas com espécies de importância econômica.


4. Sistemas de produção rural na Amazônia Brasileira.


5. Bases para o desenvolvimento sustentado do Alto Solimões.


6. Melhoramento genético de espécies hortícolas para o trópico úmido.


7. Avaliação do potencial de sustentabilidade de sistemas agroflorestais em pequenas propriedades agrícolas na Amazônia.


8. Domesticação de germoplasma de camu-camu (Myrciaria dubia (H.B.K.) McVaugh), para uso em agroindústria na Amazonia Central.