Visando aperfeiçoar qualificar e atualizar os conhecimentos dos pesquisadores do Inpa, o instituto possui vários intercâmbios entre os pesquisadores e programas de cooperacão bilateral com universidades, institutos e órgãos científicos de várias partes do mundo.
Mas atualmente só estão sendo firmados e renovados os antigos convênios entre o Inpa e o Jica, Orstom, Dfid, Cirad, Max-Planck, OMS, SUL-SUL, Universidade de Washington e Smithsonian Institution desde que o contrato de convênio permita a atuação de pesquisadores brasileiros em seus projetos propostos na região amazônica e emitam anualmente um relatório a respeitos do andamento do projeto, descobertas, atividade que cada pesquisador desempenhou durante o decorrer do ano, etc.