O Curso de Ecologia do Programa de Pós Graduação em Biologia Tropical e Recursos Naturais (PPG-BTRN) do INPA tem como objetivo maior formar recursos humanos bem qualificados e com sólida experiência prática em pesquisa científica em ecologia de ambientes tropicais que possam contribuir ao conhecimento da biodiversidade e ao desenvolvimento sustentável da Amazônia. O Curso de Pós-graduação em Ecologia tem preparado profissionais de alto nível que hoje trabalham em IES da região (por exemplo, INPA, UFAM, UTAM, MPEG, UFAC, UEA, UNI Nilton Lins); órgãos públicos (por exemplo, EMBRAPA, IBAMA, INCRA, Secretaria Estadual de Meio Ambiente do Amazonas), e entidades do terceiro setor (por exemplo, Fundação Vitória Amazônica, WWF, Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá, Conservation International, Wildlife Conservation Society).

As pesquisas desenvolvidas pelo INPA contemplam estudos sobre a estrutura e funcionamento de ecossistemas amazônicos, como as florestas de terra-firme, as campinas, as savanas, as várzeas, os igapós, os rios e lagos. Os estudos também incluem a análise dos efeitos de intervenções de origem antrópica nestes sistemas naturais. Consequentemente, os estudos desenvolvidos no Curso de Ecologia procuram abordar estes temas; desde os aspectos mais básicos, como o zoneamento da biodiversidade, ecologia de populações e comunidades de plantas e animais, até estudos de Ecologia sistémica e Conservação, como aqueles sobre ciclos biogeoquímicos, fluxo de carbono na cadeia alimentar, causas e efeitos do desmatamento, efeito do fogo, fragmentação florestal, taxas de erosão do solo, capacidade de suporte do ecossistema, poluição ambiental, impactos de grandes barragens, impacto de derramamento de petróleo em ambientes naturais, impacto do manejo florestal sobre flora e fauna, fatores que afetam a regeneração natural da floresta, recuperação de áreas degradadas, e manejo florestal e fauna silvestre.

O objetivo do curso é que os ecólogos aqui formados sejam capazes não somente de entender as interações entre os seres vivos e os fatores que afetam a sua distribuição e abundância, mas também de conhecer o funcionamento dos ecossistemas e de identificar alternativas e soluções para as diferentes formas de impacto antrópico sobre as populações (humanas inclusive), comunidades e ecossistemas amazônicos. No decorrer do tempo, a ênfase dos trabalhos do Curso foi se deslocando do conhecimento básico dos ecossistemas amazônicos para o seu manejo racional e os impactos das diversas formas de intervenção humana. Atualmente, o zoneamenteo ecológico/econômico, o manejo de fauna silvestre, e o uso racional da biodiversidade amazônica estão dentro dos objetivos de diversos projetos de pesquisa conduzidos por docentes do Curso de Ecologia, não só para gerar conhecimento científico mas também, para treinamento de estagiários estudantes, e professores desta e de outras instituiçôes.